员工怀孕处理中，以下特殊情形会影响结果：
1. 严重违规解除：怀孕女职工若严重违反单位合法规章制度（如多次旷工、重大失职致损、违反竞业限制），单位可依据《劳动法》第二十五条解除合同。此时“怀孕”不构成解除障碍，解除行为可能合法，员工无权主张违法解除赔偿金。
2. 危害环境调整：若岗位环境（有毒、高噪音）或内容（第三级体力劳动、孕期禁忌劳动）危害孕妇健康，单位须按《女职工劳动保护特别规定》调岗。单位未调整的，员工可要求或投诉；若单位已提供合适岗位而员工无正当理由拒绝，可能影响待遇主张。
3. 自愿解除协议：怀孕女职工因个人原因（家庭、职业规划等）自愿协商解除合同，双方达成协议后，单位无需承担因怀孕不得解除的责任，劳动关系依法解除，员工不得再以怀孕为由主张恢复或违法解除赔偿。
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我国法律法规明确：员工怀孕后，用人单位不得随意解除劳动合同。
《中华人民共和国劳动法》第二十九条规定：“劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依据本法第二十六条、第二十七条的规定解除劳动合同：（三）女职工在孕期、产期、哺乳期内的。”该条款将孕期女职工纳入特殊保护，禁止以非过失性辞退（第二十六条）和经济性裁员（第二十七条）为由解除合同。无论入职前、试用期或合同期内怀孕，只要处于孕期，单位均不得依上述条款解除。例如，以“岗位不适合”或“试用期不合格”辞退怀孕员工，且无《劳动法》第二十五条规定的严重违规情形，即属违法解除。《女职工劳动保护特别规定》第五条亦强调“用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同”，与第二十九条呼应，共同保障怀孕女职工劳动权。因此，无法定过失性理由的解除行为均违法。
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员工怀孕后处理不当，可能面临以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：劳动争议仲裁时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起算。例如，员工被违法解除合同后，若一年内未申请仲裁，后续主张工资损失、经济赔偿金等可能因时效届满而不被支持。
2. 证据链风险：缺乏关键证据将难以证明侵权行为。例如，单位口头因怀孕拒录用或降薪，但员工无法提供录用通知书、书面沟通记录（邮件、微信）、录音录像或医院怀孕证明，维权时难以举证，可能导致维权失败，无法获得赔偿。
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员工怀孕后，用人单位与员工均需依法处理，保障双方权益，具体场景分析如下：
1. 入职前怀孕：应如实告知单位，了解《劳动法》及《妇女权益保障法》赋予的特殊劳动保护，单位不得因怀孕拒绝录用或解除合同。
2. 试用期内怀孕：单位不得以此为由解除合同。劳动法明确孕期女职工受特殊保护，单位不得以怀孕为由解除。
3. 合同履行期间怀孕：单位同样不得解除合同。劳动法规定，女职工怀孕期间享有特殊劳动保护，单位不得无故解除。

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